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测序服务
开放染色质区域鉴定服务
（ATAC-seq）
团队已建立成熟稳定的ATAC-seq技术流程（图A），产生了高质量用于测序的ATAC-seq文库。图B是在HepG2细胞中进行ATAC建库后特征性的核小体分布pattern，与发布ATAC-seq技术的Nature Methods文献高度一致（ Nat Methods. 2013 Dec;10(12):1213-8.））。另外，团队优化了实验条件，现只需要500个细胞就能产生高质量的ATAC-seq数据。图C是已经进行500、5000、50000个细胞的ATAC-seq（每组两个生物学重复）及对比ENCODE的HepG2 DNase-seq数据。从图中可见500个细胞产生 ATAC-seq与50000个细胞的ATAC-seq及1千万个细胞产生的DNase-seq数据高度一致。
图3. 我们团队成员利用ATAC-seq等技术发表的Cell文章
组蛋白修饰及转录因子结合位点鉴定服务
（ChIP-seq）
对人和小鼠的组蛋白修饰（如H3K4me1（待激活增强子 marker）, H3K4me3 （启动子marker）, H3K27Ac (活性启动子/增强子marker), H3K27me3 （启动子抑制性marker）的 ChIP-seq实验，从而从全基因组水平对染色质状态进行注释（如增强子，启动子），并可整合ATAC-seq数据， 从而对这些增强子，启动子等调控元件中的转录因子motif/footprinting进行挖掘。整合RNA-seq数据，研究调控元件与基因表达的关联。另外，可整合Hi-C，HiChIP数据，对这些调控元件的相互作用进行分析，从而能了解基因表达的三维基因组基础。下图为团队成员在Science上利用ChIP-seq等技术发现炎症状态下单核细胞向巨噬细胞分化的表观组变化。
极少细胞量组蛋白修饰及转录因子结合位点鉴定服务
（CUT & TAG）
CUT&Tag 技术原理：
CUT&Tag 技术的核心是在 Tn5 上融合了 protein A/G 抗体结合功能域的转座体 pAG-Tn5。在进行 CUT&Tag 实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接著进行二抗孵育。最后孵育 pAG-Tn5 转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入 Mg2+，激活 Tn5 酶的切割活性，打断靶蛋白结合的 DNA 区域。由于 Tn5 连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的 DNA 上加接头，接著提取 DNA，进行 PCR 扩增构建文库。
三维基因组研究服务
（即将推出）
染色质的空间构象捕获技术使得获取3D空间中的染色质交互关系成为可能。其中3C（Chromatin Conformation Capture）技术可用以评估两个已知基因位点的接触频率；类似的，一系列基于3C的衍生方法（4C, 环状3C, 5C等）及HiC技术应运而生；通过和表观遗传学及转录组学等信息相结合，可以揭示大量关于全基因水平的染色质折叠规律及远程交互信息。ChIA-PET（Chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing）技术首次使用染色质免疫共沉淀（Chromatin immunoprecipitation）技术特异性的富集针对特定转录因子的远程交互信息，因而具有其他3C/HiC技术无可比拟的功能特异性及更高的分辨率。新一代的In-situ ChIA-PET技术更将起始细胞量从100-300 million降低到5-10 million，因此能用于原代细胞的三维基因组研究（2019 Cell Stem Cell, 2021 Cancer Cell），下图为2020年Science Advances发表的ChIA-PET分析pipeline使用的in-situ ChIA-PET数据（由本团队成员产生）。
